Vamos ver um exemplo bem simples.
print('===== Script =====');
print(db.getCollectionNames()); // prints all collection names in respective database
print(db.myCollection.count()); // prints the count of myCollection collection.
Comando para executar o Shell no script
mongo 127.0.0.1/my-profile-db --username='username' --password='pwd' mongodb-script.js
mongodb-script.js é o script shell.
Basicamente, este é apenas um comando normal de conexão mongodb para executar o script após conectar.
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